بالحوار تحققت الوحدة اليمنية في 22مايو 1990م، لكن طبيعة النظامين الشطريين السابقين اقتضت وجود تحالف بين المؤتمر الشعبي العام والحزب الاشتراكي اليمني استمر من عام 90إلى عام 94م ونتيجة للاختلافات الايديولوجية والمنطلقات الفكرية بينهما حدثت الازمة، وكان سببها عدم وجود قيادة موحدة الارادة والاهداف، ادى اختلافها إلى التوتر الذي تصاعد نتيجة لعدم وجود ثقة متبادلة بين الطرفين، ولعدم وجود اتفاق ورؤى موحدة حول كثير من السياسات الداخلية والخارجية، فلم توجد قيادة موحدة بل وجدت قيادة جماعية ممثلة بمجلس الرئاسة الذي ضم خمسة اشخاص يمثلون توجهات سياسية مختلفة هي المؤتمر الشعبي العام والحزب الاشتراكي وحزب الاصلاح، كان كل فريق يعمل بشكل مستقل عن الاخر، وكانت الرئاسة برأسين والسفينة بقائدين كل يشدها إلى الاتجاه المناقض للاخر.. هذا التناقض في الافكار والاهداف لا يؤدي إلى التكامل والانجاز الوطني بل إلى التفكك والصراعات وتتحول القرارات إلى افعال سلبية لا يوحدها هدف مشترك، كانت مؤسسات الدولة مشلولة لا توجهها ارادة موحدة وكانت المؤسسة العسكرية منقسمة تفتقر إلى نظام يوحدها ليس لها ولاء موحد، وكانت النتيجة الصراع الذي تطور حتى وصل إلى مرحلة الانفجار في صيف 1994م حينما رفض الحزب الاشتراكي نتائج الانتخابات البرلمانية في 1993م، ورفض كل التنازلات التي قدمها المؤتمر الشعبي العام والرئىس علي عبدالله صالح، واعلنت بعض القيادات في الحزب الاشتراكي الانفصال في صيف 1994م وكانت اليمن بين مفترقي طرق اما انتصار المشروع الانفصالي الذي لو تم لما كان هناك امكانية للعودة إلى الوحدة أو انتصار المشروع الوطني الوحدوي الذي يعني ترسيخ الوحدة إلى الابد، ولكن لماذا تم كل ذلك؟ كان يفترض ان تأتي الانتخابات البرلمانية في عام 1993م لتحسم الصراع وتحسم تقاسم السلطة وتوحد نفسية الناس ونفسية الحاكم فيحكم الحزب الذي يحصل على الاغلبية ويسود الاستقرار، إلا ان فكرت التحالفات ظلت قائمة ولم تعطَ اهمية للانتخابات الديمقراطية فظلت القيادة ممزقة متناحرة لكونها تمثل احزابا متعارضة الاهداف، ان فكرة التحالف لا تساعد على الافعال الناجحة، فكل قرار يخضع إلى المساومات بين الفرقاء حتى يفرغ من محتواه وان تم الاتفاق عليه بعد تعديله لصالح الاطراف المتنازعة لا يمكن ان يجد طريقه إلى الواقع العملي، فهناك عوائق كثيرة تقف امامه، فالجهات المنفذة هي ايضاً تمتلك رؤى مختلفة لا يوحدها نظام أو هدف مشترك، فيتوقف العمل وتسود الفوضى.. وهذا ما كان سائداً منذ عام 1990م وحتى 1994م، فكل مسؤول لا ينفذ اي قرار إلا اذا تلقى توجيهات من حزبه ولا يعمل بالقرارات الصادرة عن التحالف.